《国家税务总局关于贯彻落实企业所得税法若干税收问题的通知》（国税函〔2010〕79号）第三条规定，企业转让股权收入，应于转让协议生效、且完成股权变更手续时，确认收入的实现。转让股权收入扣除为取得该股权所发生的成本后，为股权转让所得。企业在计算股权转让所得时，不得扣除被投资企业未分配利润等股东留存收益中按该项股权所可能分配的金额。

境内法人股东将持有新三板挂牌公司的股权（股票）进行转让，涉及到企业所得税。

由于各地税务机关对于转让新三板挂牌公司的股权（股票）是否缴纳增值税的观点不一致，实际操作中建议与主管税务机关进行沟通确认。

因此，新三板公司的境内法人股东转让其持有的新三板公司股权（股票），于转让协议生效、且完成股权变更手续时，确认收入的实现，按股权转让收入扣除投资成本后的差额，并入法人股东的应纳税所得额计算缴纳企业所得税。

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